Après un cursus à la Maîtrise de Radio-France, Esther Labourdette se consacre à l’étude du chant et se passionne d’emblée pour des répertoires très variés en étudiant parallèlement le chant lyrique et les musiques anciennes. Elle obtient un Prix de Chant Lyrique de la Ville de Paris (classe de Sylvie Sullé) et un Diplôme de Perfectionnement au Conservatoire d’Orsay (classe de Stéphanie Révidat). Elle se spécialise en musique médiévale dans le cadre de la Sorbonne, où elle obtient un Master d’Interprétation des Musiques Anciennes (mémoire sous la direction d’Isabelle Ragnard ; classes de Katarina Livljanic, Benjamin Bagby et Raphaël Picazos). Elle se forme également à la musique de la Renaissance auprès de Denis Raisin-Dadre et de Francis Biggi ainsi qu'au répertoire baroque auprès de Julie Hassler (conservatoire du 11e arrondissement de Paris) ; Stéphane Fuget (classe d’Opéra baroque du CRR de Paris) ; Hélène Dufour, Patrick Cohen-Akenine, Gabriel Garrido, Rosa Dominguez et Maria-Cristina Kiehr. 
 
Esther Labourdette se produit en solo et en petit effectif avec des ensembles spécialisés en musique ancienne et en création contemporaine tels que Musica Nova, Doulce Mémoire, Sequentia, Discantus, Elyma, Les Meslanges, Beatus, Discantus, La Quintina, Theatro dei Cervelli, Palin(e), Enthéos, I Sospiranti, Méliades, Ptyx, Archimusic… Elle chante régulièrement en récital avec le luthiste Miguel Henry et le claveciniste et organiste Joseph Rassam. Sur scène, elle se produit dans Roman de Fauvel au Théâtre du Châtelet (direction B. Bagby, mise en scène P. Sellars) et incarne notammentla Musicienne dans Le Bourgeois Gentilhomme (mise en scène C. Hiegel, direction B. Perrot, en tournée en France et en Suisse), Sangaride dans Atys, La Malaspina dans Luci mie traditrici de Salvatore Sciarrino (Opéra national de Kiev). 
 
Directement sollicitée par des compositeurs pour interpréter leurs œuvres, elle collabore notamment avec Thierry Machuel, Stéphane Lemaire, Bruno Gillet et Pierre Chépélov.
 
Elle a participé à de nombreuses productions discographiques, dont : 
Celestial Hierarchy avec Sequentia (diapason d’or) ; 
Musiques de l’âge d’or à Florence (1250-1750) avec Theatro dei Cervelli ; 
Missa prolationum d’Ockeghem et Motets de Handl avec Musica Nova ; 
Les Messes retrouvées de Jehan Titelouze avec Les Meslanges ; 
Heavenly Songes et Ymaginacions avec La Quintina ; 
Chants d’amour, Chants de guerre à la cour de François 1er avec Candor Vocalis.
 
Elle enseigne le chant médiéval dans le cadre du Master d’Interprétation des Musiques Anciennes de Sorbonne Université (MIMA médiéval) et du Centre de Musique Médiévale de Paris et mène des ateliers dans le cadre de la Fondation Royaumont et de la Philharmonie de Paris. Elle a été invitée en Chine à deux reprises pour des master-classes de musique médiévale (Conservatoire de Shanghai, Université et Conservatoire de Nantong). Elle est également professeur diplômée en Technique Alexander®.