Mathieu Dupouy est né en 1977 à St-Nazaire.
Il entre au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris en 1996 pour étudier le clavecin dans la classe de Christophe Rousset. Il y obtient les premiers prix de clavecin et de basse continue à l’unanimité. Il poursuit ses études par un cycle de perfectionnement, auprès de Pierre Hantaï, Christophe Coin et Olivier Baumont.
Il étudie parallèlement le pianoforte au CNR de Paris auprès de Patrick Cohen, ainsi que l’orgue avec Georges Guillard.